病毒研究中的超算知識
2020-02-07 14:47 作者：donggang 瀏覽量：
迎戰疫情,艾銻無限用愛與您同行
為中國中小企業提供免費IT外包服務
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這次的肺炎疫情對中國的中小企業將會是沉重的打擊，據釘釘和微信兩個辦公平臺數據統計現有2億左右的人在家遠程辦公，那么對于中小企業的員工來說不懂IT技術將會讓他們面臨的最大挑戰和困難。
電腦不亮了怎么辦？系統藍屏如何處理？辦公室的電腦在家如何連接？網絡應該如何設置？VPN如何搭建？數據如何對接？服務器如何登錄？數據安全如何保證？數據如何存儲？視頻會議如何搭建？業務系統如何開啟等等一系列的問題，都會困擾著并非技術出身的您。
好消息是當您看到這篇文章的時候，就不用再為上述的問題而苦惱，您只需撥打艾銻無限的全國免費熱線電話:400 650 7820，就會有我們的遠程工程師為您解決遇到的問題，他們可以遠程幫您處理遇到的一些IT技術難題。
如遇到免費熱線占線，您還可以撥打我們的24小時值班經理電話:15601064618或技術經理的電話:13041036957，我們會在第一時間接聽您的來電，為您提供適合的解決方案，讓您無論在家還是在企業都能無憂辦公。
那艾銻無限具體能為您的企業提供哪些服務呢？
艾銻無限始創于2005年，歷經15年服務了5000多家中小企業并保障了幾十萬臺設備的正常運轉，積累了豐富的企業IT緊急問題和特殊故障的解決經驗，制定了相對應的解決方案。我們為您的企業提供的IT服務分為三大版塊:
第一版塊是保障性IT外包服務:如電腦設備運維，辦公設備運維，網絡設備運維，服務器運維等綜合性企業IT設備運維服務。
第二版塊是功能性互聯網外包服務:如網站開發外包，小程序開發外包，APP開發外包，電商平臺開發外包，業務系統的開發外包和后期的運維外包服務。
第三版塊是增值性云服務外包:如企業郵箱上云，企業網站上云，企業存儲上云，企業APP小程序上云，企業業務系統上云，阿里云產品等后續的云運維外包服務。
您要了解更多服務也可以登錄艾銻無限的官網:www.bjitwx.com查看詳細說明，在疫情期間，您企業遇到的任何困境只要找到艾銻無限，能免費為您提供服務的我們絕不收一分錢，我們全體艾銻人承諾此活動直到中國疫情結束,我們將這次活動稱為——春雷行動。
以下還有我們為您提供的一些技術資訊，以便可以幫助您更好的了解相關的IT知識，幫您渡過疫情中辦公遇到的困難和挑戰，艾銻無限愿和中國中小企業一起共進退，因為我們相信萬物同體，能量合一，只要我們一起齊心協力，一定會成功。再一次祝福您和您的企業，戰勝疫情，您和您的企業一定行。
北京艾銻無限告訴您：病毒研究中的超算知識
新冠病毒在2019-2020爆發，很快我們就知道了它的樣子。相信關心疫情的人都看過下面這張病毒的“正面照”，那么它是如何被繪制出來的呢？
要對病毒進行繪制需要拍攝---數據采集---圖像處理---三維重構---結構分析等步驟，流程如下圖：
許多電鏡三維重構程序目前是實現的任務級別的并行，如BSOFT、FREALIGN、IMOD和PRIISM/IVE等。而AUTO3DEM、IMAGIC、UCSFTOMOgraphy等則完全采用了MPI并行方式。著名的單顆粒三維重構軟件EMAN目前所有的并行手段都已經實現，SPIDER和IMIRS程序則采用了OpenMP和MPI并行方式，但SPIDER保留了任務級的并行方式，而IMIRS程序沒有。XMIPP則采用了MPI和pthreads方式。
通過上面的分析，可以發現冷凍電鏡三維重構的高性能計算IT需求歸納為以下幾部分：
•主要為浮點計算，其中有大量的單精度或雙精度快速傅里葉（FFT）計算。
•軟件內存需求和I/O需求大，一般都需要配置并行文件系統。
針對傅里葉（FFT）計算，目前主流大量采用nVidia GPU是行業慣例，nVidia CUDA為開發人員提供了多種庫，其中cuFFT庫則是CUDA中專門用于進行傅里葉變換的函數庫。“cuFFT”全稱是CUDAFast Fourier Transform，顧名思義，它提供了一系列的函數幫助開發者進行快速傅里葉變換的運算。
cuFFT庫由兩個子庫構成，它們分別是CUFFT和CUFFTW。CUFFTW庫是一個移植工具（portingtool），它為用戶提供了一些接口，以使得用戶使用FFTW庫（一個非常流行的CPU快速傅里葉變換庫）編寫的程序能夠運行在CUDAGPU上。而CUFFT則是純CUDA接口的快速傅里葉變換庫。
針對高性能計算文件系統，業界解決方案有很多：Lustre、BeeGFS、分布式橫向擴展NAS等等。
艾銻無限在大規模計算集群上有多年工作經驗，部署架設過眾多運算集群環境。有著豐富的部署經驗。竭誠為有大量超算需求的企事業單位服務
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